Het Agentschap Ondernemen is een intern verzelfstandigd agentschap zonder rechtspersoonlijkheid. Het behoort tot het beleidsdomein Economie, Wetenschap en Innovatie (EWI).
Het is ontstaan in 2006 als gevolg van het Beter Bestuurlijk Beleid (BBB), de reorganisatie van de Vlaamse overheid.
Het Agentschap Ondernemen staat onder voogdij van minister Kris Peeters, Minister-president van de Vlaamse Regering en Vlaams minister van Economie, Buitenlands Beleid, Landbouw en Plattelandsbeleid.
Het is de taak van het agentschap om het economisch beleid uit te voeren en in te staan voor de operationele voorbereiding.